El ministro ruso de Exteriores, Serguei Lavrov, anunció el 4 de junio de 2016, que Estados Unidos solicitó a Rusia que no ataque a al-Qaeda en Siria.

En la región siria de Idlib, los grupos armados que Washington califica como «rebeldes moderados» están mezclados con las unidades del Frente al-Nusra, franquicia de al-Qaeda en Siria. El acuerdo de cese de hostilidades estipulaba que los grupos armados que cuentan con respaldo estadounidense se separarían de los grupos clasificados como «terroristas» en la lista oficial de la ONU, pero tal cosa no ha sucedido.

Según la versión oficialmente reconocida, al-Qaeda planeó y perpetró los atentados del 11 de septiembre de 2001, que costaron 2 977 vidas en Estados Unidos. También según la versión oficial, Estados Unidos invadió Afganistán e Irak porque esos países habían aportado apoyo a al-Qaeda –aunque Washington admitió posteriormente que, en realidad, Irak nunca estuvo implicado.

A lo largo de los últimos años, al-Qaeda financió el AKP turco, ayudó la OTAN a destruir el Estado libio e hizo «un buen trabajo» en Siria, según declaró públicamente –en 2012– el entonces ministro de Exteriores de Francia, Laurent Fabius.

Desde la publicación del libro La Grand impostura (La esfera de os libros, 2002), del intelectual y politólogo francés Thierry Meyssan, la mayoría de los Estados miembros de la OTAN califican toda expresión de duda sobre el papel de al-Qaeda en los atentados del 11 de septiembre de 2001 como «conspiracionismo» o «complotismo».