پنتاگون محاکمه ی خالد شیخ محمد را که مغز متفکر حادثه ی ۱۱ سپتامبر می نامد ، عقب انداخت ، بدون آنکه تاریخ بعدی را مشخص نماید .
در اول ماه مارس ۲۰۰۳ ، شیخ خالد محمد ، توسط یک کماندوی ایالات متحده در پاکستان ربوده شد ، سپس به زندان مخفی اردن منتقل گردید و به مدت طولانی مورد شکنجه قرار گرفت ، پنتاگون اطمینان دارد که او متهم اصلی حوادث می باشد ، و اینبار نیز محاکمه ی او را به عقب انداخته .
در ۲۰۰۹ محاکمه ی شیخ خالد محمد توسط دادگاه غیر نظامی مطرح شد . در حالی که این موضوع پیش از آن به دادگاه نظامی ارجا ع داده شده بود . در ۲۰۱۶ دولت اوباما به طور غیر قانونی تمامی عوامل دفاع ای او را از میان برد . از آن پس ، محاکمه ی او بارها به عقب افتاده و به نظر می رسد که هرگز برگزار نشود .