A l’issue des obsèques nationales des victimes, le parquet d’Istanbul-Bakırköy a ouvert une enquête sur les actes de piraterie commis en Méditerranée le 31 mai 2010.

Le procureur Mehmet Taştan a fait procéder à l’autopsie des neufs corps rendus par Israël. Il apparaît que presque tous ont été abattus de nombreuses balles tirées à bout portant.

Il a également fait procéder à l’audition des témoins et victimes (sauf celles placées en soins hospitaliers intensifs).

Selon des sources proches de l’enquête, le procureur se dirigerait vers l’inculpation des chefs pirates Benjamin Netanyahu (Premier ministre d’Israël), le général Ehud Barak (ministre de la Défense) et le général Gabi Ashkenasi (chef d’état-major interarmes). Ils seraient poursuivis pour piraterie, coups et blessures, meurtres, enlèvement et séquestration arbitraire. Le procureur devrait limiter ses conclusions aux seuls crimes commis à l’encontre de ressortissants turcs sur les deux bâtiments battant pavillon turc.
Le procureur pourrait aussi prononcer des inculpations pour crimes contre l’humanité au regard de l’article 77 du Code pénal turc.

Le ministère de la Justice a mis en place un groupe de travail pour examiner toutes les implications de cette affaire en droit national et international.
Dans le cas où une juridiction turque condamnerait par contumace des ressortissants israéliens et que l’Etat d’Israël entraverait l’exécution de la sentence, les plaignants pourraient se désister de leurs droits au profit de l’Etat turc. Celui-ci saisirait alors les Nations Unies.

La Commission de la Justice du Parlement turc a d’ores et déjà saisi ses homologues du Parlement de l’Union européenne et de l’Assemblée parlementaire du Conseil de l’Europe.

Par ailleurs, le décès de Furkan Doğan, un double national turc-états-unien de 19 ans, plonge le département d’Etat des Etats-Unis dans l’embarras. Alors que l’administration Obama s’est jusqu’à présent opposée à une commission d’enquête du Conseil de sécurité et a affirmé sa confiance dans la Justice israélienne pour conduire une enquête nationale « prompte, impartiale, crédible et transparente, dans le respect des normes internationales », elle pourra difficilement empêcher l’ouverture d’un procès pénal par une juridiction états-unienne.