El general John R. Allen, quien hacía campaña en el seno de la administración Obama en contra de cualquier posibilidad de compartir con Rusia la influencia en el Medio Oriente, pidió el 19 de febrero de 2013 su retiro anticipado del servicio activo.

El general Allen se desempeñó como comandante de la ISAF (siglas en inglés de la Fuerza Internacional de Asistencia para la Seguridad presente en Afganistán) y había sido designado para ser el próximo comandante del EuCom (siglas en inglés del Comando de Fuerzas estadounidenses en Europa) y comandante supremo de la OTAN. Al solicitar su retiro anticipado del servicio activo, el general Allen renuncia por lo tanto a los más altos cargos a los que puede aspirar un militar estadounidense en el pináculo de su carrera.

Los generales John R. Allen y David Patraeus (este último también se oponía a la paz, aunque por razones diferentes) cayeron simultáneamente en una trampa sexual tendida por una oficial de la Inteligencia Militar. Al ser objeto de una investigación sobre su moralidad, Petraeus se vio obligado a dimitir de su puesto como director de la CIA –poco antes de la elección presidencial– mientras que Allen fue exonerado inmediatamente después de la investidura presidencial. Pero pospuso su audiencia de confirmación ante el Congreso y después transfirió sus poderes como comandante de la ISAF al general Joseph Dunford.

Dado que su exoneración, seguida de la petición de retiro anticipado del servicio activo, tiene todo el aspecto de un acuerdo secreto, el Washington Post solicitó acceso al expediente de la investigación sobre la moralidad del general Allen, solicitud que acaba de recibir la respuesta negativa del Inspector General del Pentágono.

Luego de la renuncia forzosa de David Petraeus y la salida de Hillary Clinton y de Leon Panetta de la nueva administración Obama, el retiro negociado de John R. Allen confirma la derrota de la oposición interna estadounidense a un acuerdo entre Rusia y Estados sobre la situación en Siria.